現代環(huán)境微生物學并非僅僅研究病原體和生物修復,
各個不同的領域。環(huán)境微生物學家面臨的問題包括:發(fā)現和鑒定新的可用
于保護環(huán)境、保護人類健康和有商業(yè)應用價值的微生物及其產物,例如,可用作
洗滌劑、食品加工以及生物技術方面的微生物酶,各種各樣的代謝產物,其中包
括用于醫(yī)藥領域的抗生索以及表面活性劑,后者不僅用于化妝品和食品加工.而
且在污染修復方面具有應用潛力。從事篩選微生物新種的科學家們目前正在全力
探究一些新環(huán)境,如深海熱噴口、熱泉和深地下層。
微生物還能用于資源生產,如從礦石中回收金屬或石油回收,后者又稱之為
微生物強化采油(MEOR)。微生物采礦可能起始于18世紀西班牙的Rio Tinto,
當時用此法從礦石中提取銅,盡管當時并不知道提取過程中銅的溶解是微生物作
用的結果。到1989年,世界上約有30%的銅和鈾是用微生物工藝開采的,這種
微生物工藝利用的是自然中存在的細菌,如氧化硫硫桿菌和氧化亞鐵硫桿菌。