顯微鏡下觀看淺部感染的真菌多為外源性，主要是皮膚絲狀菌引起的皮膚真菌病。深部感染的真菌多為內源性，常見的有白色念珠菌、新型隱球菌、曲霉菌等，它們侵襲內臟和深部組織，引起有慢性肉芽腫樣炎癥、壞死等病變。由于濫用抗生素和免疫抑制劑引起菌群失調癥，深部真菌感染病例較前增多。有些真菌能產(chǎn)生真菌毒素，稱為產(chǎn)毒真菌，人誤食毒素后可引起急性或慢性中毒。

 真菌感染多為慢性經(jīng)過。深部真菌感染后細胞免疫起主要作用，雖也可產(chǎn)生特異抗體，但無抗感染作用。